Głównym bohaterem powieści jest prostoduszny, dwudziestoparoletni matematyk, który tytułowany jest Botchanem (pol. paniczem). Wychowany w Tokio, po śmierci rodziców przeprowadza się na wyspę Shikoku do prowincjonalnego miasta, w którym zatrudnia się jako nauczyciel.
Nie zabraknie typowego dla Sōsekiego poczucia humoru przemieszanego z wnikliwą analizą postaci. Autor nadaje postaciom zabawne przezwiska, nawiązujące do ich charakterystycznych cech. Tak, jak w kultowej powieści I am a Cat obserwatorem japońskiego społeczeństwa jest kot, w Botchanie mamy szkołę, która jest krzywym zwierciadłem sytuacji ówczesnej Japonii.